《曼哈顿外星人绑架之谜》的剧情聚焦于20世纪末美国曼哈顿地区发生的一系列外星人绑架事件。这些事件在当时引起了全球范围内的广泛关注，至今仍被视为未解之谜的代表之一。

影片开篇，观众被带入到一个充满神秘色彩的氛围中。曼哈顿的夜空下，不明飞行物频繁出现，伴随着神秘的光束和飞碟的身影。其中，琳达·纳波利塔诺的绑架案尤为引人注目。她声称被所谓的“灰人”从卧室窗户带走，并被带到一个不明飞行物内接受检查。这一过程中，她经历了极度的恐惧与震惊。

随着调查的深入，影片揭示了更多关于这一事件的细节。不仅有琳达本人的陈述，还有多名目击者的证词，包括两名联合国高级政治家的安保人员，他们声称目睹了绑架事件的全过程。这些证词进一步证实了外星人绑架的真实性，使事件变得更加扑朔迷离。

影片通过高质量的影像资料和详实的调查访谈，为观众呈现了一个充满神秘与未知的外星人绑架事件。观众仿佛置身于事件发生的第一现场，感受到了当事人当时的恐惧与困惑，同时也对外星生命和政府秘密产生了新的思考。