《原谅他99次》的剧情围绕着女主角林晓雨与男主角方浩的复杂情感纠葛展开。

林晓雨与方浩是一对恋人，两人已经走过了多年的爱情长跑。然而，在这段感情中，林晓雨发现方浩总是因为一些小事情而让她感到失望和伤心。每一次，林晓雨都会因为深爱着方浩而选择原谅他，但这样的原谅却逐渐累积到了99次。

在一次偶然的机会中，林晓雨发现了方浩的又一次背叛，这一次的背叛彻底击垮了她对这段感情的信心。她开始反思自己的付出是否值得，也开始考虑是否应该继续原谅方浩。

与此同时，方浩也意识到了自己的错误，他深深地爱着林晓雨，但却因为自己的不成熟和不懂得珍惜而伤害了她。他开始努力挽回这段感情，希望能够得到林晓雨的原谅。

在经历了种种波折和磨难后，林晓雨和方浩最终坐在一起，坦诚地交流了彼此的想法和感受。林晓雨告诉方浩，她已经原谅了他99次，但这一次，她需要时间来考虑他们的未来。而方浩则表示，他愿意等待，愿意用自己的行动来证明他的爱。