《变相怪杰2：面具之子》的剧情围绕着漫画家蒂姆及其家庭展开。一天，蒂姆的狗狗意外发现了一副绿色的面具，蒂姆戴上后，拥有了神奇的魔力和无法控制的疯狂行为。这种转变不仅让他在同事和老板面前大放异彩，还给他带来了无尽的欢笑和麻烦。

九个月后，蒂姆的儿子威仔出生，并伴随着一种奇怪的超能力。这种能力立即引起了原面具主人“恶作剧之神”洛基的注意，他意图夺回面具。同时，蒂姆也在努力寻找面具，以便完成老板要求的卡通人物创作。

随着故事的发展，洛基逐渐接近蒂姆一家，而蒂姆的妻子杜雅也因工作原因离开小镇，留下蒂姆独自照顾孩子。在威仔逐渐掌握超能力的过程中，蒂姆必须保护家人免受洛基的威胁，同时解决因面具带来的种种混乱。