《在魔王城说晚安》的剧情围绕被魔王黄昏抓走的人类公主栖夜莉丝展开。栖夜莉丝本是凯米恩国的公主，却在睡梦中被魔王黄昏掳至魔王城。出人意料的是，公主并未陷入绝望，反而为了能在魔王城中找到最佳的睡眠环境，开始了大闹魔王城的日常。

公主在魔王城里四处探索，寻找能让自己安睡的物品，这一过程中，她不仅将魔物们卷入其中，还让魔王城陷入了一片混乱。尽管身为人质，栖夜莉丝却得到了魔王黄昏及众多魔物的宠爱与纵容，她在魔王城里过得自在惬意。

与此同时，勇者拂晓踏上了拯救公主的旅途，他坚信公主在魔王城的生活苦不堪言，然而事实却与他的想象大相径庭。公主不仅未受委屈，还凭借自己的魅力让魔王城的魔物们对她言听计从。

剧情中充满了搞笑与奇幻元素，公主与魔王及魔物们的互动趣味横生，让观众在轻松愉快的氛围中见证了这段不同寻常的魔王城生活。