《男狐聊斋2兰若寺》的剧情紧凑而充满奇幻色彩。故事发生在书生宁采臣上京赶考的途中，因大雨和夜幕降临，他迫不得已住进了荒废已久的兰若寺。寺内灯火辉煌，美人如云，但这一切美好背后却隐藏着惊人的秘密。原来，寺中的美人皆为妖精所化，其中包括一对狐妖兄妹——倩郎与小倩，他们被千年恶妖控制，被迫吸取过往凡人的精气以供其修炼。

宁采臣的出现打破了兰若寺的平静，他被倩郎的美貌吸引，却不知其真实身份。直到除妖师燕赤霞的出现，才揭开了真相。原来，宁采臣前世是佛家灵童，与倩郎和小倩有着复杂的渊源。知晓一切后，宁采臣决心与燕赤霞联手，对抗恶妖，解救被控制的狐妖兄妹。

经过一番激战，恶妖终于被消灭，但小倩却不幸丧生。燕赤霞为救倩郎，与残余的妖怪同归于尽。最终，倩郎与宁采臣在经历了一系列波折后，决定放下前尘往事，共同面对未来。影片以两人携手离开兰若寺，走向未知的命运作为结尾，留给观众无限的遐想空间。