电影《锦衣卫》的剧情发生在明朝末年，当朝政腐败，皇帝昏庸无能，权力被奸佞宦官贾精忠所把持。贾精忠勾结庆亲王，企图利用锦衣卫作为他们篡位的工具。

锦衣卫指挥使青龙在执行任务时意外发现贾精忠的阴谋，因此被其追杀，身负重伤。在逃亡过程中，青龙被正义镖局的总镖头乔永及其女儿乔花所救。为了洗清自己的冤屈并阻止庆亲王与贾精忠的野心，青龙决定深入关外探寻真相。

在关外，青龙遇到了天鹰帮的帮主大漠判官，两人因一场误会而结识，并决定联手劫取一支满载黄金的商队。然而，这支商队实际上是庆亲王府的卫队，他们正带着黄金进献给贾精忠。

在一系列惊心动魄的打斗和追击中，青龙和大漠判官最终揭露了庆亲王和贾精忠的阴谋，并成功夺回了玉玺。但青龙也面临着重大的选择：是继续保护玉玺还是为了爱情而牺牲。在最终的对决中，青龙选择了与敌人同归于尽，为他的忠诚和爱情画上了悲壮的句号。