《一弦定音！第二季》的剧情围绕时瀬高中的筝曲社展开。故事开篇，筝曲社正面临废社的危机，社长孤身一人，社团的未来岌岌可危。就在这时，一位不良少年及其友人加入了社团，紧接着，一位古筝天才少女也加入了进来。他们的到来，为社团带来了新的活力与希望。

随着新成员的加入，筝曲社开始积极筹备全国筝曲校选拔赛。在准备过程中，成员们各自展现出了不同的古筝才华，同时也结下了深厚的羁绊。然而，在比赛中，尽管有天才少女凤月里和的助力，筝曲社还是遭遇了失败。这次失败让成员们备受打击，但也让他们更加团结，共同面对困难。

在后续的剧情中，成员们不断努力，克服了一个又一个的难题。他们不仅在古筝技艺上取得了进步，也在相互理解与支持中成长。最终，筝曲社不仅在比赛中取得了优异的成绩，更重要的是，他们找到了属于自己的音乐与梦想，共同编织出一曲青春学园物语。