《剧场版魔法少女小圆 新篇 叛逆的故事》的剧情承接自电视版结局之后。鹿目圆为了终结“魔法少女在绝望之后变为魔女”的悲剧连锁，赌上自己的全部，改变了世界法则，成为了“圆环之理”，拯救了一众魔法少女，但她也因此失去了自己的身体，只留下了概念性的存在。

在这个重组后的世界中，晓美焰奇迹般地保留着与鹿目圆的相关记忆，并继续战斗，她渴望再次与鹿目圆相遇，带着值得怀缅的欢笑。与此同时，美树沙耶香、巴麻美等魔法少女也在这个世界中继续她们的生活和战斗。

然而，她们逐渐察觉到周遭的违和感，见泷源市似乎被某种结界刻意封住，导致魔法少女们陷入无休止的混乱深渊。为了解开谜团，魔法少女们开始探寻真相，而晓美焰更是决定深入风见野寻找答案。在这一过程中，她们不仅要面对来自“梦靥”的威胁，还要揭开隐藏在见泷源市背后的秘密，以及鹿目圆改变世界后所带来的真正影响。