《飞鸿笑传之黑蝙蝠》的剧情发生在清末的广东地区，当时正面临饥荒的威胁。然而，朝廷拨出的赈灾银两却被八王爷暗中劫走，为了转移视线，他将罪名嫁祸给了江洋大盗黑蝙蝠。这一连串的阴谋与嫁祸让真正的黑蝙蝠李淮南陷入了困境。

为了洗清自己的冤屈，李淮南秘密来到广东，一方面以医生的身份救济灾民，一方面则以黑蝙蝠的身份劫富济贫，试图揭露真相。与此同时，朝廷派出的第一神捕杨长风也在调查此案，而黄飞鸿则决定协助他一同破案。

在错综复杂的线索和斗争中，李淮南逐渐接近了真相。最终，他成功揭露了八王爷的罪行，为自己洗清了冤屈。黄飞鸿因协助破案而得到了朝廷的表彰，而李淮南则选择远渡重洋学医，将他的好友梁宽托付给了黄飞鸿。电影以一场正义与邪恶的较量落下帷幕，展现了英雄人物的智慧和勇气。