《下流梗不存在的灰暗世界》设定在一个特殊的日本，十六年前通过了《公序良俗健全育成法》，全面禁止与“性”相关的信息和字眼，使得国家变得无比健康清新。故事发生在以风纪严明闻名全国的名校时冈学园，平凡的高中生奥间狸吉即将开始他的新生活。

然而，一场意外让他卷入了名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋中，这个组织的首领竟是时冈学园学生会的副会长华城绫女。狸吉被迫加入“SOX”，开始了一系列“传教”活动，即在全面禁止黄段子的环境下，传播与“性”相关的内容。

学园中，每个人都带着监控项圈，一旦触发相关话题，就会面临惩罚。狸吉和“SOX”成员们在这个高压环境下，不仅要应对学校的严格监控，还要面对来自其他学生的误解和排斥。但即便如此，他们依然坚持自己的信念，通过各种方式挑战这个看似完美的制度。