《名侦探明智小五郎》的剧情紧凑且扣人心弦。故事开篇，全球通缉的危险黑客组织Phantom20突然对日本金融界的中枢机构光明银行进行了猛烈的网络攻击，使得银行系统陷入瘫痪，副行长宇田川束手无策。此时，警方在警视厅刑事部长浪越谦次朗的指挥下，秘密采取应急措施，但面对技术高超的黑客组织，他们依然束手无策。

关键时刻，明智小五郎出现了。他是一位拥有丰富网络知识和高超技术的侦探，率领着一支实力超群的黑客技术团队TeamBD。浪越看中了明智小五郎的才华，便派警视厅网络搜查支援室的主任小林芳雄去聘请他做网络犯罪搜查方面的顾问。

紧接着，明智小五郎接到了一起棘手的案件。有人将包括原未成年犯现住址在内的绝密资料发布到了网上，浪越担心原未成年犯会因此遭到二次伤害，于是委托明智尽快将罪犯抓捕归案。明智立刻破解了问题网站上出现的暗号，成功接触到自称SHADOW的罪犯，并与其展开了一场智力与技术的较量。

随着剧情的深入，明智小五郎逐渐揭露了SHADOW背后的阴谋，并成功阻止了一场可能引发金融危机的灾难。