电影《潜艇总动员5：时光宝盒》是一部动画电影，故事发生在美丽的海底世界。小潜艇阿力与他的朋友们，贝贝、贝尔、波波和莉莉，一起在海底探险。

在一次意外中，阿力发现了一个神秘的水晶盒子，这个盒子可以穿越时空，带领他们探索不同的历史时期。阿力、贝贝、贝尔、波波和莉莉决定一起展开一次前所未有的冒险，穿越时空，探索历史。

在他们的旅程中，他们分别来到了古埃及、古罗马、古希腊、古中国和古日本等不同的历史时期。他们在不同的时期遇到了各种有趣的人物和事件，也学到了很多有关历史的知识。

然而，在他们即将回到现实世界的时候，他们发现了一个邪恶的计划：一个名叫黑暗船长的海盗企图利用时光宝盒穿越时空，统治世界。阿力和他的朋友们决定阻止黑暗船长的计划，他们用他们的智慧和勇气，最终成功地阻止了黑暗船长的计划，保护了世界的安全。