《机巧少女不会受伤》是一部以机巧魔术为背景的动漫作品，故事发生在一个充满奇幻色彩的世界里。主角赤羽雷真是一位机巧魔术师，他意外地与一位名为夜夜的机巧少女相遇。夜夜是一位拥有强大战斗力的机巧少女，但却因为过去的遭遇而封闭了自己的内心。

雷真决定帮助夜夜解除内心的枷锁，两人开始共同踏上寻找机巧魔术之谜的旅程。在这个过程中，他们遇到了各种各样的人物，包括机巧少女的制造者、敌对势力的魔术师，以及渴望自由的其他机巧少女们。

随着故事的发展，雷真和夜夜逐渐建立了深厚的感情，共同面对来自各方的挑战。他们通过不断战斗和学习，逐渐揭示了机巧魔术背后的真相，也发现了隐藏在背后的巨大阴谋。

整个故事充满了奇幻、冒险和战斗元素，同时也探讨了关于自由、友情和爱情等主题。夜夜逐渐敞开心扉，与雷真和其他伙伴们一起，为了守护自己的信念和追求自由而战斗。