《巴哈姆特之怒GENESIS》的剧情发生在一个人、神、魔等种族共同生活的神秘世界密斯塔尔希亚。在遥远的过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人、神、魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于将其力量封印。神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半，世界因此迎来了两千年的和平安宁。

然而，随着时间的流逝，人类开始将巴哈姆特当作独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位神秘少女阿米拉夺走了神族严密保护的钥匙，世界的均衡因此被打破。当巴哈姆特再次发出吼声时，世界再次陷入了绝望的深渊。

在此期间，赏金猎人法瓦罗、落魄骑士凯撒以及众多神魔种族的角色被卷入了一系列事件中。他们不仅要面对巴哈姆特再次苏醒的威胁，还要解开阿米拉身上的谜团，以及寻找阻止巴哈姆特毁灭世界的方法。在这一过程中，各种势力之间的冲突与合作，以及角色间的情感纠葛，构成了这部动漫的精彩剧情。