《银河护卫队3》的剧情紧接前作，银河护卫队的成员们已经在虚无之地找到了新的栖身之所。然而，平静的日子被火箭浣熊的神秘过去所打破。火箭浣熊曾是至高进化的实验品，因一次意外攻击而陷入濒死状态。为了拯救火箭浣熊，银河护卫队必须前往他改造的集团，寻找关键的救治密钥。

在冒险的旅途中，他们不仅与至高进化的小弟进行了激烈的战斗，还意外发现了飞船上众多被实验的小孩子。面对这种情况，他们决定掩护孩子们撤退到虚无之地，并在最后的对决中成功击败了至高进化。

战斗结束后，银河护卫队成员各自有了新的归宿：星爵回到了地球，德拉克斯和星云开始建造自己的城市，而螳螂则离开了团队，寻找自己生命的意义。这一系列事件不仅让银河护卫队更加团结，也让他们各自的人生有了新的方向。