《剧场版 假面骑士电王 大爷，诞生》的剧情紧凑而充满冒险。故事紧接TV版第27话，野上良太郎一行人为了追踪异魔神而穿越到过去，却意外落入牙王的圈套。他们消灭异魔神后，发现时光列车“电号”已被牙王劫持，众人被迫滞留在过去。良太郎因此失去了变身能力和所有记忆，连桃塔罗斯也无法附身。

在机缘巧合下，良太郎遇到了10岁的自己（剧中称为“小太郎”）和异魔神齐格，并得到樱井的帮助，开始追踪被劫持的“电号”。另一边，牙王回到江户时代，夺得神之列车“牙王号”，并抓住了追踪而来的良太郎，乘坐“牙王号”回到1988年12月26日。

在1988年，良太郎恢复记忆，但受到牙王的阻挠无法变身。关键时刻，樱井带来救兵——三个来自不同时间线的良太郎。四个形态各异的电王同时出现，展开了一场激动人心的最终对决，为守护时间秩序与正义而战。