《星球大战前传3：西斯的反击》的剧情紧凑且扣人心弦。克隆人战争进入第三年，银河共和国与独立星系邦联的冲突愈发激烈。帕尔帕廷议长策划了一场阴谋，被分离势力机器人军官格里弗斯将军绑架，实为自导自演。绝地武士欧比旺·克诺比与阿纳金·天行者勇闯敌舰，成功救出帕尔帕廷并斩杀杜库伯爵。然而，帕尔帕廷的真面目逐渐暴露，他是西斯尊主达斯·西迪厄斯。

阿纳金在帕尔帕廷的诱导下，一步步走向黑暗面，最终砍断梅斯·温杜的一只手，帕尔帕廷趁机将其拉入黑暗阵营，赐名达斯·维德。维德率领克隆人士兵剿灭绝地圣殿，帕尔帕廷启动66号指令，控制克隆人士兵对绝地武士开火。战争结束后，帕尔帕廷称帝，银河帝国崛起。

尤达大师与欧比旺逃脱，尤达决定潜入议会与皇帝对决，而欧比旺则在穆斯塔法星球与阿纳金展开生死较量，最终砍断阿纳金的双腿。这场战争不仅改变了银河的命运，也深刻影响了众多角色的命运走向。