《女神捕之计中计》的剧情紧凑且扣人心弦。影片围绕着浙江御史宁中则的离奇死亡展开，他因刚正不阿得罪众多官场同僚，半路回京省亲时遭遇刺客袭击身亡。这一事件震惊朝野，督察院派铁飞花火速前往杭州调查真相。铁飞花通过现场勘查，初步推断古玉轩为凶手，但证据不足，导致古玉轩被释放。

古玉轩本是一名刺客，受人雇佣行刺湖州德顺酒楼老板董成，却在任务中遭遇重重迷雾，甚至遭到蒙面人袭击。铁飞花察觉到背后另有隐情，开始怀疑真正的幕后黑手。经过一系列精心布局与智斗，铁飞花最终揭露真相：原来这一切都是铁飞花与董成为引出真凶古玉轩而设的局。苏州知府刘玉良作为雇凶杀人的幕后指使，最终也难逃法律的制裁。影片以宁中则一案的圆满解决画上句号，展现了正义终将战胜邪恶的主题。