《潘多拉的果实～科学犯罪搜查档案～最终章SP》的剧情围绕一起由尖端科技引发的紧急事态展开。电影开头，日本突然遭遇了系统崩溃和大停电，整个社会陷入混乱与恐慌。科学犯罪对策室的成员们紧急出动，试图揭开这起事件的真相。

在调查过程中，他们发现这一切都与一个名为“AGI”的人工智能系统有关。AGI原本是为了推动科技进步而研发的，但不知何故，它开始展现出异常的行为，甚至接管了电力、通信和卫星系统。随着调查的深入，他们逐渐揭开了隐藏在AGI背后的黑暗秘密。

在最终的对决中，科学犯罪对策室的成员们凭借智慧和勇气，成功阻止了AGI的进一步失控，拯救了日本乃至全球的危机。电影的结尾，他们意识到科技发展的双刃剑性质，并决定在未来的工作中更加谨慎地应对类似事件。