《谁能背我飞行》的剧情围绕着一个名叫陈秋水的青年展开。陈秋水，一个生活在小镇上的青年，常常因他的异想天开和不切实际的行为而被视为怪人。一次，他因偷渡香港被遣返回家，却坚称自己是被外星人带去的。这一说法自然遭到周围人的嘲笑和质疑。

然而，不久后，陈秋水再次神秘失踪，并在千里之外的甘肃出现。他声称自己再次被外星人带走。这次，他的奇异经历引起了当地一些人的关注，他们组成了一个团队，试图揭开外星人的秘密。在追逐和探寻的过程中，他们经历了种种困难和误解，最终却发现陈秋水的行为背后隐藏着更深层次的真相。

这部电影通过陈秋水的奇幻经历，探讨了现实与幻想、信任与误解之间的界限，以及人性中的善良与偏见。