《机动奥特曼 崛起》的剧情设定在2024年，讲述了一位棒球明星佐藤健意外获得了奥特曼的力量，成为了地球的守护者。在东京遭受不断升级的怪兽袭击时，他选择肩负起超级英雄的责任，保卫家园。然而，挑战不仅来自外部，佐藤健还必须面对一个意外的任务——养育他死敌的怪兽之子。

在这个过程中，佐藤健一边学习如何平衡自己的双重身份，一边努力照顾这个不寻常的“孩子”。同时，他也要面对来自激进怪兽防卫军的压力，以及与自己父亲之间复杂的情感纠葛。

随着剧情的深入，佐藤健逐渐认识到作为“奥特曼”的真正意义，他不仅是一个超级英雄，更是连接人类与怪兽、过去与未来的桥梁。最终，他联合怪兽宝宝，共同击败了邪恶的敌人，守护了地球的和平。