《蝙蝠侠1989》的剧情发生在罪恶横行的哥谭市。蝙蝠侠，这位神秘人物，以他的智慧和勇气，成为了城市中的守护者。影片中，蝙蝠侠揭露了黑帮首领“小丑”的真实面目，他是一个因化学实验而面部变形的疯狂罪犯。小丑为了控制城市，不惜使用致命的化学武器。

蝙蝠侠在拯救被小丑绑架的女摄影师维姬的过程中，深入虎穴，与小丑及其手下展开了一场惊心动魄的较量。他利用智慧和勇气，挫败了小丑的阴谋，拯救了哥谭市。

影片的高潮部分，蝙蝠侠与小丑在教堂钟楼上的决战尤为精彩。在一连串的激烈打斗后，小丑从高楼摔落，而蝙蝠侠则带着维姬成功脱险，傲然站立在巨大的蝙蝠标记下，成为了城市的英雄。