《神眼之红毛鬼》的剧情发生在1959年的初夏，内蒙古的红城市笼罩在一片诡异的氛围中。当地连续发生了多起女性探亲军属被残忍杀害的案件，而凶手每次都以红毛鬼的形象出现，让市民们人心惶惶。

随着国庆十年大庆的临近，市委和市人委面临着巨大的压力，必须在短短一周内破案。在案件陷入僵局之际，公安处长决定请出一位擅长追踪的羊倌马宝忠协助调查。马宝忠凭借他独特的观察力和分析能力，开始逐步揭开红毛鬼的真面目。

在追查的过程中，马宝忠发现了隐藏在红毛鬼背后的惊天阴谋。原来，这一系列罪行都是某个组织为了掩盖其更大的犯罪计划而制造的混乱。经过一系列的斗智斗勇，马宝忠最终揭开了红毛鬼的真面目，并将罪犯绳之以法，为红城市带来了久违的和平与安宁。