《三千年的思念》是一部跨越时空的深情之作。电影设定在遥远的未来，当人类掌握了穿越时空的技术后，汤姆这位科学家却滥用此技术试图改变命运。一次意外中，他穿越到了三千年前的古代，邂逅了公主莉莉安。莉莉安对汤姆的现代科技充满好奇，两人之间萌生了深厚的情感。然而，时空的鸿沟让他们的爱情之路充满了挑战。

汤姆在莉莉安的陪伴下逐渐适应了古代生活，同时也开始反思自己的行为。他认识到，真正的幸福并非来自于改变过去，而是珍惜现在，勇敢面对未来。在一系列的冒险与考验后，两人决定放下时空的束缚，共同追求属于他们的幸福。

电影通过这段跨越时空的爱情故事，探讨了爱情、命运和时间的哲学问题，同时也展现了人类对于未知世界的好奇与探索精神。