《联邦调查局第六季》的剧情围绕着美国联邦调查局（FBI）特工们展开，深入揭示了他们在维护国家安全、打击犯罪中所面临的种种挑战和抉择。一宗公交爆炸案成为了本季的开篇，无辜的生命被夺走，特工们迅速行动，展开调查。

在追查案件的过程中，他们不仅要面对狡猾的犯罪分子和错综复杂的线索，还要应对个人生活与工作的平衡问题。特工斯科拉作为一名父亲，努力在职业责任与家庭责任之间找到平衡。

随着调查的深入，他们逐渐发现这起爆炸案背后隐藏着更大的阴谋，涉及国际恐怖组织和政治势力的交织。在紧张刺激的剧情中，特工们展现了高超的侦查技巧和坚定的信念，最终成功揭露了真相，将罪犯绳之以法。整个季度充满了悬念和转折，展现了FBI特工们为了国家和人民的安全而英勇奋斗的精神。