《美少女的谎言：原罪第二季》的剧情在2024年的美国继续展开，围绕着几个年轻女孩的秘密和谎言。一年前，Alison的突然失踪让整个小镇笼罩在迷雾之中，而她的四位好友——Spencer、Hanna、Aria和Emily，也因为这个事件而关系疏远。

第二季中，四位女孩再次被一条神秘短信纠缠，短信的署名仍然是那个神秘的「A」。「A」似乎掌握着她们过去的秘密，甚至那些只有Alison才知道的深埋心底的秘密。为了揭开「A」的真实身份，女孩们不得不重新面对彼此，以及那些被时间掩盖的往事。

在寻找真相的过程中，她们不仅要面对外部的威胁和压力，更要面对内心的恐惧和不安。每一次的线索都让她们更加接近真相，但每一次的接近也意味着更大的危险。在这个充满谎言和秘密的世界里，她们将如何抉择，又将如何找到真正的自我？