《永夜圣父》剧情设定在2024年的中国大陆，讲述了一场突如其来的自然灾害后，世界陷入了长达数十年的永夜之中。在这个黑暗笼罩的时代，人类社会秩序崩溃，生存成为最大的挑战。

主人公李昊，一个曾经的物理学家，在灾难后成为了一个神秘的“圣父”，他利用自己掌握的科学知识，带领一群幸存者建立起一个自给自足的庇护所。然而，随着资源日益紧张，庇护所内部出现了分裂，外部也有不明势力虎视眈眈。

李昊不仅要面对外部的挑战，还要处理内部的矛盾。他用自己的智慧和勇气，一次次化解危机，守护着庇护所中的每一个生命。在这个过程中，他也逐渐发现了导致永夜之谜的真相，并决定踏上寻找光明之路的冒险旅程。