《动态漫画·末世超级系统第二季》的剧情在末世背景下展开，描绘了一个被丧尸和变异生物统治的地球。在这个恐怖笼罩的世界中，人类面临着前所未有的挑战。然而，在绝望中，贫穷少年赵天磊意外获得了一个神秘超级系统。

赵天磊利用这个系统，开始了他的升级和兑换之路。他目睹了周围人间的惨状，以及身边人的逝去，心中充满了痛苦和愤怒。但他没有选择袖手旁观，而是勇敢地站了出来。

在超级系统的帮助下，赵天磊逐渐变得强大起来。他带领着一群幸存者，与丧尸和变异生物展开了激烈的战斗。他们经历了无数次的生死考验，但始终坚守着希望。

随着剧情的推进，赵天磊逐渐揭开了超级系统的秘密，并发现了隐藏在末世背后的更大阴谋。在经历了一系列艰难的挑战后，他最终找到了拯救人类的方法，并带领人们重建了文明。