《斗破苍穹3：除恶》的剧情发生在萧炎和药老成功平息蛇人族与人族纷争之后。他们带着青鳞和穆力踏上修行之旅，希望能在与云岚宗纳兰嫣然的三年之约中胜出。

旅途中，一行人行至塔戈尔沙漠，却遭遇突变，青鳞因拥有能通晓未来的碧蛇三花瞳，被神秘势力掳走。为了救出青鳞，萧炎与众人结识了昔日的冰皇海波东，共同前往赤盐城。然而，赤盐城内光怪陆离，一股邪恶势力正悄然布局，意图将他们一网打尽。

面对重重危机，萧炎凭借智慧与勇气，逐步揭开背后的阴谋。同时，他也发现了幼年时母亲去世的真相，这使他更加坚定了为母亲报仇的决心。最终，萧炎不惧强敌，炼化异火创造出佛怒火莲，与邪恶势力展开了一场惊心动魄的决战。