《夜晚的水母不会游泳》是一部充满奇幻色彩的日本动漫，设定在一个神秘的海底世界。故事以一位年轻少女为主角，她偶然间发现了一种只在夜晚活动的特殊水母。这些水母不同于常见的海洋生物，它们不仅不会游泳，还拥有着神秘的力量。

随着少女对水母的深入了解，她渐渐发现这些水母背后隐藏着一个关于海洋生态平衡的秘密。原来，夜晚的水母是海洋中的守护者，它们用自己的力量维护着海洋的和谐与平衡。然而，随着人类活动的不断扩张，海洋生态环境逐渐恶化，夜晚的水母也面临着生存的危机。

在拯救水母的过程中，少女不仅学会了如何与水母沟通，还结识了一群志同道合的伙伴。他们一起努力，探索海洋深处的秘密，寻找拯救水母的方法。最终，他们成功唤醒了水母的力量，让海洋重新焕发生机。

这部动漫通过奇幻的故事情节，向观众传递了保护海洋生态的重要性，同时也展现了人与自然和谐共生的美好愿景。