《亚人第二季》的剧情紧接第一季。故事发生在2016年的日本，自从17年前非洲战场上首次出现不死“人类”以来，这种被称为“亚人”的新物种逐渐在人类世界中频繁现身。他们拥有不老不死的肉身，即使遭受致命重创也能在短时间内迅速恢复。

高中生永井圭在一次放学路上遭遇车祸，短暂的死亡后，他竟奇迹般地复活，并意识到自己成为了日本第三位亚人。这一发现使他迅速被警察、亚人管理委员会乃至赏金猎人等多方势力盯上，他不得不开始逃亡生涯。

第二季中，恐怖分子佐藤的计划开始启动，一场亚人VS人类、亚人VS亚人的战争悄然拉开序幕。佐藤作为史上最凶恶的恐怖分子，其真实身份和可怕计划逐渐浮出水面。在这场混战中，永井圭不仅要努力求生，还要面对来自各方的威胁和挑战。

随着剧情的深入，敌人和盟友的身份不断变换，人际关系错综复杂，使得整个故事更加扣人心弦。永井圭在这场无尽的战斗中，逐渐找到了自己的立场和信念，为生存和自由而战。