电影《皇帝的神医宠妃》以华丽的宫廷为背景，讲述了一段跨越身份与权谋的传奇爱情故事。故事发生在繁华的大唐帝国，年轻的皇帝身患重病，朝中名医束手无策。此时，一位名不见经传的女神医意外入宫，以她独特的医术和智慧，成功治愈了皇帝的顽疾。

在治病的过程中，皇帝与这位神医女子产生了深厚的情感。然而，他们的爱情却遭到了朝中权贵的嫉妒与阻挠。为了维护皇室的稳定，皇帝不得不将神医女子隐藏起来，暗中保护她。

然而，权谋的漩涡却不断逼近，神医女子的身份也逐渐被揭露。皇帝面临着艰难的选择：是放弃爱情，维护皇室的利益；还是勇敢追求真爱，挑战权贵的势力。最终，皇帝决定为爱而战，与神医女子共同面对一切挑战。

电影以一场惊心动魄的宫廷斗争为高潮，展现了皇帝与神医女子之间坚定不移的爱情。在经历重重考验后，他们终于赢得了幸福与自由。