电影《医妃萌娃：娘亲这才是我爹爹》的剧情发生在繁华的古代大陆，围绕一位才华横溢的女医妃和一对萌娃展开。医妃原本在宫中担任御医，因一场政治风波被迫离开，带着年幼的萌娃隐姓埋名，过上了平凡的生活。然而，命运的齿轮再次转动，一位权倾朝野的王爷突然出现在她们的生活中，声称自己是萌娃的亲生父亲。

随着剧情的深入，医妃与王爷之间的情感纠葛逐渐浮出水面。医妃既害怕王爷的权势，又无法割舍与萌娃之间的亲情。而王爷则为了争夺萌娃的抚养权，不惜一切代价。在这场情感与权力的较量中，萌娃成了关键的角色。他们天真无邪，却总能在关键时刻化解危机，让大人们重新审视自己的选择。

最终，医妃和王爷在经历了一系列波折后，终于找到了彼此心中的答案。他们放下过去的恩怨，共同抚养萌娃，一家人过上了幸福美满的生活。电影以温馨感人的画面结尾，让观众在欢笑与泪水中感受到了亲情与爱情的力量。