在《动物管制官 第二季》中，故事继续追踪一群身怀绝技的动物管制官们。新一季里，他们面临着更为复杂和危险的任务。都市中的动物异常现象频发，一些原本温顺的动物突然展现出攻击性，而一些罕见物种也神秘地出现在城市角落。

管制官们不仅要应对动物的突变行为，还要揭开背后隐藏的秘密。他们发现，这些事件背后有一个庞大的阴谋，涉及到不法分子利用动物进行非法实验。同时，动物们似乎也在试图传达某种信息，引领管制官们前往一个个关键地点。

在追踪线索的过程中，管制官们遭遇了前所未有的挑战。他们必须依靠彼此的信任和合作，才能在这个充满未知和危险的世界里找到真相。随着剧情的深入，他们渐渐意识到，自己不仅是动物的守护者，更是维护城市和平的关键力量。