电影《女扮男装后锦衣卫大人爱上我》以大明朝为背景，展现了一段跨越性别与身份的禁忌之恋。女主角林瑾，因家族遭遇变故，被迫女扮男装，混入锦衣卫，成为一名小卒。她机智勇敢，很快在锦衣卫中崭露头角，引起了锦衣卫指挥使沈煜的注意。

沈煜，一个铁面无私、权倾朝野的锦衣卫大人，对林瑾的才华和胆识既欣赏又好奇。两人在共同执行任务的过程中，历经生死，感情逐渐升温。然而，沈煜并不知道林瑾的真实身份，误以为她是男子，而林瑾也对沈煜产生了深深的爱意。

随着剧情的发展，林瑾的身份被意外揭露，沈煜得知真相后，震惊之余，也陷入了深深的矛盾与挣扎。他爱上的，究竟是林瑾的男子气概，还是她本人？而林瑾，也面临着选择，是继续隐瞒身份，还是勇敢追求真爱？

电影《女扮男装后锦衣卫大人爱上我》通过这段禁忌之恋，探讨了性别、身份与真爱之间的复杂关系，让人深思。