《刀剑神域进击篇：暮色黄昏》的剧情紧接在《刀剑神域》的原作小说之后，深入探索了桐人（桐谷和人）和亚丝娜（结城明日奈）在刀剑神域世界中的冒险。电影以一场突如其来的袭击为开端，桐人和亚丝娜被迫卷入了一场未知的危机。他们在逃离的过程中，逐渐发现了一个隐藏在刀剑神域深处的秘密——一个被称为“暮色黄昏”的神秘区域。

这个区域不仅拥有更强大的敌人，还有更复杂的迷宫和谜题。桐人和亚丝娜为了解开谜题，不得不深入这个未知领域。在探索的过程中，他们遇到了各种挑战和危险，也结识了一些新的朋友和伙伴。

随着故事的深入，他们逐渐发现，“暮色黄昏”背后隐藏着一个更大的阴谋，而这个阴谋可能会对整个刀剑神域世界产生深远影响。为了阻止这个阴谋，桐人和亚丝娜必须挺身而出，与伙伴们一起，迎接最后的挑战。