《少年特工科迪2》的剧情发生在2004年的一个秘密任务背景下。科迪·班克斯，这位年轻而聪明的特工，再次被中央情报局召唤。这一次，他的目标是伦敦，一个隐藏着重大危机的城市。

科迪伪装成普通学生，进入伦敦的一所寄宿学校，暗地里则展开了一场惊心动魄的追踪。他的目标是一名变节的特工，此人盗取了一项高度机密的大脑控制装置，企图利用它制造混乱。

在伦敦的街头巷尾，科迪巧妙地运用各种特工技巧，与变节特工展开了一场智与勇的较量。同时，他还得面对种种意想不到的困难和挑战，包括复杂的人际关系、危险的敌人以及紧张的时限。

最终，在经历了一系列惊险刺激的冒险后，科迪成功地夺回了大脑控制装置，并揭露了变节特工的真实身份，再次完成了拯救世界的重任。