《战刻夜想曲》的剧情发生在一个名为“神牙”的异世界。这个世界里,吸血鬼、人狼等非人者与人类共同生活,长久以来在拥有特殊血脉的姬神子的庇护下维持着和平。然而,姬神子的突然失踪打破了这份宁静,失去加护的“月牙族”武将们开始为了天下统一而相互争斗,世间陷入战乱。与此同时,名为厄魔的神秘妖怪也开始四处肆虐。
某天,平凡的女高中生结月被智能手机发出的神秘光芒传送到这个异世界。她在战场上被丰臣军的武将丰臣秀吉所救,并偶然间被发现其血液拥有使月牙族觉醒的力量。这一秘密很快被织田、上杉、武田、真田、伊达等各路人马得知,结月成为了他们争夺的对象。
在混乱的局势中,结月与各路武将产生了交集,她的力量成为了各方势力争夺的焦点。随着故事的推进,结月逐渐了解到这个世界的真相,并卷入了更为复杂的纷争之中。在战乱与纷争中,她与各武将的命运交织在一起,共同书写着一段新的历史。