《战刻夜想曲》的剧情发生在一个名为“神牙”的异世界。这个世界里，吸血鬼、人狼等非人者与人类共同生活，长久以来在拥有特殊血脉的姬神子的庇护下维持着和平。然而，姬神子的突然失踪打破了这份宁静，失去加护的“月牙族”武将们开始为了天下统一而相互争斗，世间陷入战乱。与此同时，名为厄魔的神秘妖怪也开始四处肆虐。

某天，平凡的女高中生结月被智能手机发出的神秘光芒传送到这个异世界。她在战场上被丰臣军的武将丰臣秀吉所救，并偶然间被发现其血液拥有使月牙族觉醒的力量。这一秘密很快被织田、上杉、武田、真田、伊达等各路人马得知，结月成为了他们争夺的对象。

在混乱的局势中，结月与各路武将产生了交集，她的力量成为了各方势力争夺的焦点。随着故事的推进，结月逐渐了解到这个世界的真相，并卷入了更为复杂的纷争之中。在战乱与纷争中，她与各武将的命运交织在一起，共同书写着一段新的历史。